Theo đó, giai đoạn 1 (thi công phần garage đoạn từ Quán Sứ đến Trần Bình Trọng): Từ ngày 5/6/2021, các đơn vị thi công sẽ rào chắn thử nghiệm đường Trần Hưng Đạo (đoạn từ Quán Sứ đến Trần Bình Trọng) để đánh giá lưu lượng giao thông. Đến ngày 15/6/2021, đơn vị thi công sẽ rào chắn chính thức. Tiến độ thi công dự kiến 510 ngày (tương đương 17 tháng), bắt đầu từ 15/6/2021.
Giai đoạn 2 (thi công phần hộp phía Nam của ga S12, đoạn từ Lê Duẩn đến ngõ Vạn Kiếp và garage đoạn từ Ngõ Vạn Kiêp đến phố Yết Kiêu): Đơn vị thi công sẽ rào chắn đoạn từ Lê Duẩn đến Phan Bội Châu; đoạn từ Phan Bội Châu Đến Yết Kiêu. Tiến độ thi công dự kiến 480 ngày (tương đương 16 tháng), thời gian thi công thực hiện từ 8/7/2021.
Để giúp các phương tiện đảm bảo việc lưu thông, Sở GTVT tổ chức phân luồng các phương tiện như sau:
- Các phương tiện có nhu cầu đi trên đường Trần Bình trọng theo hướng từ Dã Tượng ra Lê Duẩn đi theo hướng : Trần Bình Trọng - Trần Hưng Đạo - Dã tượng - Lý Thường Kiệt - Lê Duẩn hoặc yết kiêu -Trần Hưng Đạo - Quán Sứ Lý Thường Kiệt - Lê Duấn.
- Tổ chức giao thông 1 chiều cho các phương tiện ô tô lưu thông trên phố Quán Sứ (đoạn từ Lý Thường Kiệt đến Trần Hưng Đạo). Các phương tiện xe cấp cứu, xe chở bệnh nhân... có nhu cầu vào Bệnh viện Tim Hà Nội được phép lưu thông 2 chiều trên tuyến đường Yết Kiêu -Trần Hưng Đạo (đoạn từ cổng Viện Tim Hà Nội đến Quán Sứ).
- Tổ chức giao thông 1 chiều cho phương tiện xe máy, xe đạp và người đi bộ trên hệ thống đường tạm trên đường Trần Hưng Đạo (theo chiều từ Trần Bình Trọng đi Quán Sứ).
- Tổ chức giao thông 1 chiều cho các phương tiện ô tô lưu thông trên đường Trần Hưng Đạo (đoạn từ Phan Bội Châu ra Lê Duẩn).
Các tòa nhà phía Bắc của ga Hà Nội, các đơn vị thi công để lối đi có chiều rộng trung bình khoảng 1.2m cho người đi bộ và các phương tiện xe máy lưu thông 2 chiều ra vào khu dân cư nội bộ.
Về các tuyến xe bus, Sở GTVT điều chỉnh tuyến: 03A, 11, 38 sẽ đi theo lộ trình cho phù hợp với phương án rào chắn và phân luồng tổ chức giao thông.
Sở GTVT Hà Nội giao nhiệm vụ cho Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội và đơn vị nhà thầu thi công tổ chức rào và vận hành thử 10 ngày để quan trắc, điều chỉnh kịp thời đảm bảo trật tự an toàn giao thông, có biên bản thống nhất phương án giữa liên ngành Sở GTVT - Công an TP Hà Nội - UBND quận Hoàn Kiếm và các cơ quan, đơn vị xung quanh khu vực rào chắn thi công, làm cơ sở rào chắn và triển khai thi công chính thức.
Cùng với đó, chủ trì, bố trí lực lượng 24/24h để hướng dẫn giao thông, đảm bảo an toàn cho người, phương tiện tham gia giao thông và xử lý kịp thời các sự cố xảy ra trong suốt thời gian rào chắn thi công.